계약직·인턴도 청년 소득세 90% 감면? 정규직 전환·이직하면 5년 다시 시작할까

중소기업 소득세 감면 계약직·인턴도 받을 수 있을까?

중소기업에 취업한 청년이라면 근로소득세를 크게 줄여주는 중소기업 취업자 소득세 감면을 한 번쯤 들어봤을 겁니다.

그런데 실제로 신청하려고 보면 정규직이 아닌 사람은 조금 헷갈리는 부분인데요 예를 들어 6개월 계약직, 1년 기간제, 3개월 채용형 인턴으로 입사했다면 소득세 감면을 받을 수 있는지, 인턴에서 정규직으로 전환되면 5년이 다시 시작되는지 궁금할 수 있습니다.

또 감면을 받다가 다른 회사로 이직하거나 중간에 퇴사한 뒤 다시 중소기업에 들어가는 경우도 많습니다.

핵심부터 정리하면

계약직 → 조건만 맞으면 감면 가능
기간제 근로자 → 계약기간이 짧다는 이유로 자동 제외되지 않음
유급 인턴 → 근로소득자로 근무한다면 가능 여부 확인
일용근로자 → 감면 제외대상
계약직 → 정규직 전환 → 감면기간 새로 시작하지 않음
중소기업 → 다른 중소기업 이직 → 이미 감면 중이었다면 남은 기간만 적용
퇴사 후 같은 회사 재입사 → 기존 감면기간이 리셋되지 않음
중도퇴사 → 회사에 신청 못했어도 세무서 직접 신청 가능

중소기업 소득세 감면의 일반적인 대상·감면율·신청서 작성방법부터 보고 싶다면 아래 기존 글을 먼저 참고하면 됩니다.

2026년 중소기업 청년 소득세 감면 신청방법·경정청구

통합고용세액공제와 중소기업 취업자 감면은 다른 제도

여기서 먼저 구분해야 할 것이 있습니다.

중소기업 관련 세금혜택을 검색하면 통합고용세액공제와 중소기업 취업자 소득세 감면이 같이 나오는데 둘은 전혀 다른 제도입니다.

구분	통합고용세액공제	중소기업 취업자 소득세 감면
혜택 대상	사업주·기업	근로자
핵심 목적	고용증가 기업 세금공제	근로자의 근로소득세 감면
계약직 판단	상시근로자 계산기준 별도	계약직이라는 이유만으로 자동 제외 X
청년 혜택	기업 공제액 우대	근로소득세 90% 감면

특히 통합고용세액공제에서 사용하는 1년 미만 근로자 제외 기준을 중소기업 취업자 소득세 감면에 그대로 적용하면 안 됩니다.

2026년 청년 중소기업 소득세 감면 기준

 

2026년 현재 청년은 중소기업 취업 당시 만 15세 이상 34세 이하라면 연령요건을 확인할 수 있습니다.

요건을 충족하면 취업일부터 5년 동안 소득세의 90%를 감면받을 수 있고 과세기간별 감면한도는 200만원입니다.

대상	감면기간	감면율	연간 한도
청년	5년	90%	200만원
60세 이상	3년	70%	200만원
장애인	3년	70%	200만원
경력단절 근로자	3년	70%	200만원

군복무를 했다면 청년 나이 계산에서 빼준다

병역을 이행했다면 병역기간을 최대 6년까지 취업 당시 연령에서 차감할 수 있습니다.

만 35세 군필자 예시

취업일 현재 만 35세라도 인정되는 군복무기간이 2년이라면 청년 연령 계산에서는 만 33세 상당으로 볼 수 있어 감면대상 여부를 확인할 수 있습니다.

자세한 나이 계산과 군복무 적용은 아래 기존 글에서 확인할 수 있습니다.

2026 중소기업 취업자 소득세 감면 자격·신청법 총정리

1년 계약직도 소득세 감면 받을 수 있을까?

가능성을 확인할 수 있습니다.

계약직이나 기간제라는 이름 자체가 중소기업 취업자 소득세 감면 제외사유는 아닙니다.

예시 - 만 29세 1년 계약직

만 29세 A씨가 제조업을 운영하는 중소기업과 1년 근로계약을 체결했다고 가정해보겠습니다.

• 회사와 근로계약 체결
• 매달 월급 지급
• 근로소득으로 원천징수
• 청년 연령조건 충족
• 회사가 감면대상 중소기업·업종에 해당

이런 경우 단순히 1년 계약직이라는 이유로 소득세 감면에서 제외되는 것은 아닙니다.

6개월 계약직이라면?

6개월 계약직이라고 해서 결과가 자동으로 달라지는 것도 아닙니다.

근로소득을 받는 근로자이고 다른 감면요건을 충족한다면 계약기간 자체보다 근로자와 회사가 감면요건에 해당하는지를 먼저 확인합니다.

인턴도 청년 소득세 90% 감면 가능할까?

인턴 역시 '인턴'이라는 이름만으로 결정되는 것은 아닙니다.

채용형·유급 인턴

회사와 근로계약을 체결하고 일반 직원처럼 월급을 근로소득으로 받는 유급 인턴이라면 중소기업 취업자 감면 가능 여부를 확인할 수 있습니다.

3개월 인턴 후 정규직 전환

예를 들어 2026년 7월 1일 유급 인턴으로 입사했고 2026년 10월 1일 정규직으로 전환됐다고 해보겠습니다.

인턴기간부터 이미 감면요건을 충족해 소득세 감면을 적용받고 있었다면 10월 정규직 전환일을 기준으로 새로운 5년이 시작되지는 않습니다.

기존 감면기간을 이어서 계산하게 됩니다.

교육·체험형 인턴은 다를 수 있다

반대로 학교 현장실습처럼 교육이 주된 목적이고 받은 돈이 근로소득이 아니라 기타소득 등으로 처리된다면 일반적인 중소기업 취업자 근로소득세 감면과는 달라질 수 있습니다.

가장 쉬운 확인법

급여명세서와 홈택스 지급명세서에서 본인의 소득이 근로소득으로 신고되는지 먼저 확인하면 됩니다.

계약직과 일용근로자는 같은 게 아니다

여기서 계약직과 일용근로자를 혼동하면 안 됩니다.

1년 계약직이나 6개월 계약직이라고 해서 자동으로 세법상 일용근로자가 되는 것은 아닙니다.

반면 중소기업 취업자 소득세 감면에서는 일용근로자가 감면 제외대상에 포함됩니다.

고용형태	감면 가능성
정규직	요건 충족 시 가능
1년 계약직	요건 충족 시 가능
6개월 기간제	요건 충족 시 가능
유급 채용형 인턴	근로소득자라면 확인 가능
일용근로자	감면 제외
3.3% 프리랜서	일반적으로 근로소득 감면 대상 아님

다른 중소기업으로 이직하면 5년이 다시 시작될까?

이번 글에서 가장 중요한 부분입니다.

이미 소득세 감면을 적용받고 있었다면 다른 중소기업으로 이직한다고 5년이 처음부터 다시 시작되지 않습니다.

예시 - A중소기업에서 2년 감면 후 B중소기업 이직

청년 B씨가 A중소기업에서 2년 동안 감면을 받다가 B중소기업으로 이직했다고 해보겠습니다.

A중소기업 감면 시작
↓
2년 근무
↓
B중소기업으로 이직
↓
새로운 5년 X
기존 감면기간 중 남은 기간 적용

이직하면서 연봉이 올라도?

연봉이 달라졌다는 이유로 감면기간이 다시 계산되는 것은 아닙니다.

새 회사가 감면대상 중소기업인지와 최초 감면기간이 아직 남아 있는지를 확인합니다.

중소기업 → 대기업 → 다시 중소기업이면?

이 경우도 많이 헷갈립니다.

대기업에 있는 동안 감면기간이 멈추지는 않는다

예를 들어 다음과 같이 이직했다고 가정해보겠습니다.

2024년 3월	A중소기업 취업·감면 시작
2025년 9월	대기업 이직
2027년 1월	B중소기업 취업

대기업에서 일하는 동안에는 중소기업 취업자 소득세 감면을 적용할 수 없지만 이미 시작된 감면기간이 일시정지되는 구조는 아닙니다.

다시 중소기업에 들어가면

최초 감면일부터 계산한 기간이 아직 남아 있고 새 회사도 감면대상이라면 남은 기간을 확인하게 됩니다.

다만 2027년 이후 신규 취업자의 제도 적용 여부는 당시 법 개정상황을 추가로 확인해야 합니다.

같은 회사에 재입사하면 다시 5년 받을까?

이미 감면을 받고 퇴사했다가 같은 중소기업에 다시 입사했다고 해도 일반적으로 감면기간이 처음부터 리셋되는 것은 아닙니다.

예시 - 1년 계약직 종료 후 재입사

2024년 1월 계약직으로 입사해 감면을 받은 뒤 2024년 12월 계약이 종료됐다고 해보겠습니다.

그리고 2026년 다시 같은 중소기업에 취업했다고 해서 청년 감면기간 5년이 2026년부터 새로 생기는 것은 아닙니다.

계약갱신 때문에 서류상 퇴사·재입사를 반복했다면

실제로는 근로관계가 계속됐는데 회사 내부처리 때문에 퇴사와 재입사가 반복된 경우라면 취업일과 감면기간을 급여담당자나 국세상담센터를 통해 확인하는 것이 안전합니다.

계약직에서 정규직 전환되면?

계약직이나 인턴에서 정규직으로 전환됐다는 이유만으로 감면기간이 새로 생기지는 않습니다.

상황	5년 리셋 여부
인턴 → 정규직	❌
계약직 → 정규직	❌
A중소기업 → B중소기업	❌ 이미 감면 중이었다면
중소기업 → 대기업 → 중소기업	❌
퇴사 → 같은 회사 재입사	❌ 이미 감면이력이 있다면

정규직 전환 당시 만 35세가 됐다면?

처음 감면을 적용받을 당시 청년 연령요건을 충족했다면 이후 감면기간 중 나이가 만 35세를 넘었다고 해서 그날 바로 감면이 종료되는 방식은 아닙니다.

중도퇴사하면 감면받은 세금을 다시 내야 할까?

아닙니다.

중소기업에서 감면을 정상적으로 적용받다가 중도퇴사했다고 해서 이미 적법하게 감면받은 세금을 단순히 퇴사했다는 이유만으로 다시 토해내는 제도는 아닙니다.

퇴사할 때 확인할 서류

중도퇴사했다면 전 직장의 근로소득 원천징수영수증을 확인하는 것이 가장 중요합니다.

감면이 정상적으로 적용됐는지, 감면대상 소득과 세액이 어떻게 반영됐는지 확인할 수 있습니다.

전직장 원천징수영수증 요청 없이 홈택스에서 발급받는 방법

같은 해 다른 회사로 이직했다면?

새 회사에서 연말정산할 때 전 직장의 원천징수영수증을 제출해 근로소득을 합산하는 것이 일반적입니다.

퇴사 후 연말정산·중도퇴사자 전직장 서류 정리

퇴사 전에 감면 신청을 못했다면?

이 경우도 바로 포기할 필요는 없습니다.

일반 재직자는 감면신청서를 회사에 제출하지만 이미 퇴직한 근로자는 본인의 주소지 관할 세무서에 감면 신청을 할 수 있습니다.

신청기한을 놓쳤다고 끝나는 것도 아니다

원칙적인 제출시기가 지나더라도 감면요건을 충족한다면 실제 적용 가능성을 확인해볼 수 있습니다.

이미 세금을 많이 냈다면

과거 연말정산에서 감면을 빼먹어 소득세를 더 냈다면 해당 귀속연도의 자료를 확인한 뒤 경정청구를 통해 환급받을 수 있는지 검토할 수 있습니다.

연말정산 잘못했다면? 경정청구·수정신고로 정정하는 방법

첫 회사에서 감면 신청을 아예 안 했다면?

여기서는 무조건 “현재 회사 입사일부터 새 5년”이라고 단정하면 안 됩니다.

과거 중소기업 취업기간까지 감면요건을 충족했다면 과거연도 감면을 뒤늦게 신청·경정할 수 있는지, 현재 회사에서 어떤 취업일을 감면 시작일로 작성해야 하는지를 같이 확인해야 하기 때문입니다.

원천징수영수증에서 먼저 볼 것

• 과거 회사에서 실제 감면이 적용됐는지
• 감면기간 시작일이 등록돼 있는지
• 근로소득 자체가 감면대상 회사에서 발생했는지

애매하다면 국세청 126으로 취업일 확인

과거 중소기업 근무이력이 여러 곳이거나 뒤늦게 경정청구하려는 경우에는 감면기간을 임의로 계산하기보다 국세상담센터나 관할 세무서를 통해 확인하는 편이 안전합니다.

소득세 90% 감면이면 월급 세금이 거의 0원이 될까?

감면은 월급의 90%를 돌려주는 제도가 아닙니다.

 

감면대상 근로소득에서 계산된 소득세의 90%를 줄이는 방식입니다.

간단한 예시

감면 전 해당 소득세	90% 계산	실제 감면
50만원	45만원	45만원
100만원	90만원	90만원
200만원	180만원	180만원
300만원	270만원	연 200만원 한도

결정세액이 적다면 환급액도 작다

이미 내야 할 소득세 자체가 적은 사회초년생이라면 감면율이 90%라도 매년 200만원을 무조건 돌려받는 것은 아닙니다.

연말정산 예상 환급금 계산기

중소기업이라고 모든 회사가 감면되는 것은 아니다

회사 직원 수가 적고 중소기업이라고 불린다고 자동으로 감면대상이 되는 것은 아닙니다.

중소기업기본법상 중소기업에 해당하면서 법에서 정한 감면대상 업종을 주된 사업으로 영위해야 합니다.

대표적인 감면 가능 업종

• 제조업
• 건설업
• 도매·소매업
• 숙박·음식점업 일부
• 정보통신업 일부
• 연구개발업
• 광고업
• 엔지니어링·과학기술 서비스업 일부
• 사회복지 서비스업

2025년 2월 28일 이후 취업자부터 추가 제외된 업종

• 통관업
• 가상자산 매매·중개업
• 수의업
• 부동산 임대업

회사 규모보다 근로자 본인도 제외대상인지 확인

회사 요건이 맞더라도 근로자가 법에서 정한 제외대상이라면 감면을 받을 수 없습니다.

구분	감면
일반 청년 근로자	요건 충족 시 가능
계약직 청년	요건 충족 시 가능
유급 인턴	근로소득자라면 확인
회사 임원	제외 가능
최대주주·대표자의 특수관계인	제외
일용근로자	제외

계약직·인턴이 신청 전에 확인할 순서

1. 본인의 급여가 근로소득으로 신고되는지 확인합니다.
2. 최초 취업 당시 나이가 청년조건에 맞는지 확인합니다.
3. 군복무기간이 있다면 최대 6년까지 차감해 계산합니다.
4. 회사가 중소기업인지 확인합니다.
5. 주된 사업이 감면대상 업종인지 확인합니다.
6. 일용근로자·임원·특수관계인 등 제외대상인지 확인합니다.
7. 과거 다른 중소기업에서 감면을 받은 적이 있는지 확인합니다.
8. 이직자라면 전 직장 원천징수영수증을 확인합니다.
9. 현재 회사에 감면신청서를 제출합니다.
10. 이미 퇴직했다면 주소지 관할 세무서 신청과 경정청구를 확인합니다.

중소기업 계약직·인턴 소득세 감면 FAQ

1년 미만 계약직도 중소기업 소득세 감면을 받을 수 있나요?

계약기간이 1년 미만이라는 이유만으로 자동 제외되지는 않습니다. 근로소득자로 근무하고 청년 등 개인요건과 회사·업종요건을 충족하는지 확인합니다.

6개월 계약직도 같은가요?

네. 계약기간이 6개월이라는 사실 자체보다 근로소득자 여부와 법정 감면요건이 중요합니다.

3개월 인턴도 90% 감면 가능한가요?

근로계약을 맺은 유급 인턴이고 근로소득으로 급여를 받는다면 청년감면 대상 여부를 확인할 수 있습니다.

체험형 인턴도 동일한가요?

교육·실습 중심이고 급여가 근로소득이 아니라면 일반적인 중소기업 취업자 근로소득세 감면과 다를 수 있습니다.

계약직에서 정규직으로 바뀌면 5년을 다시 받을 수 있나요?

이미 계약직 기간부터 감면을 적용받았다면 정규직 전환일에 새로운 5년이 시작되지는 않습니다.

인턴에서 정규직도 같은가요?

인턴기간부터 이미 감면을 받았다면 기본적으로 기존 감면기간을 이어서 계산합니다.

다른 중소기업으로 이직하면 감면기간이 리셋되나요?

이미 감면을 받던 근로자라면 리셋되지 않습니다. 최초 감면 취업일부터 계산한 남은 기간을 확인합니다.

대기업을 거쳐 다시 중소기업에 들어가면?

대기업 근무기간에도 최초 감면기간의 시간은 계속 지나가므로 다시 5년을 새로 받는 방식은 아닙니다.

퇴사하면 기존에 감면받은 세금을 다시 내나요?

단순히 중도퇴사했다는 이유만으로 정상적으로 적용받은 감면세액을 모두 다시 내는 구조는 아닙니다.

퇴사 전에 신청 못했다면?

퇴직한 근로자는 주소지 관할 세무서에 감면신청을 할 수 있으며 과거 세금을 많이 냈다면 경정청구 가능성도 함께 확인할 수 있습니다.

중소기업이면 무조건 신청할 수 있나요?

아닙니다. 회사가 중소기업기본법상 중소기업이어야 하고 주된 업종도 감면대상이어야 합니다.

회사에서 대상이 아니라고 하면?

업종과 중소기업 해당 여부를 회사 세무담당자에게 확인하고 판단이 애매하면 국세상담센터 126이나 관할 세무서에서 확인하는 것이 좋습니다.

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정리 - 계약직인지보다 최초 감면일과 근로소득 여부가 중요

중소기업 취업자 소득세 감면은 정규직만을 위한 혜택이 아닙니다.

계약직·기간제·유급 인턴이라도 근로소득자로 일하면서 개인요건과 회사요건을 충족한다면 감면 가능성을 확인할 수 있습니다.

오히려 실제로 더 많이 헷갈리는 부분은 정규직 여부가 아니라 언제 처음 감면을 받았는지입니다.

인턴에서 정규직으로 바뀌거나 계약직에서 정규직으로 전환되더라도 이미 감면이 시작됐다면 기간을 새로 계산하지 않습니다.

다른 중소기업으로 이직하거나 퇴사 후 재입사하는 경우도 마찬가지로 기존 감면이력이 있다면 최초 감면일부터 남은 기간을 확인해야 합니다.

그래서 저라면 이직하기 전에 전 직장 근로소득 원천징수영수증을 먼저 받아 감면 적용 여부와 시작일을 확인해둘 것 같습니다.

이미 퇴사한 뒤 감면을 놓친 사실을 알게 됐다면 회사에 다시 연락하기 부담스럽다고 포기하지 말고 관할 세무서 신청과 경정청구까지 확인해보는 것이 좋습니다.