연말정산 난임 시술비 의료비 세액공제 신고 환급받기
결혼하고 나서 난임 치료로 병원을 오가다 보면, 병원비가 생각보다 빠르게 쌓입니다. 그런데 연말정산 난임시술비 의료비 세액공제는 공제율이 따로 잡히는 항목이라, 일반 의료비처럼 한 번에 묶어 넣으면 손해가 날 수 있어요. 특히 2025년 귀속(2026년 정산) 기준으로도 난임시술비는 30%, 미숙아·선천성 이상아 의료비는 20%가 적용됩니다.
막상 검색해보면 “난임시술비가 간소화에 어떻게 잡히는지”, “회사 입력 화면에서 어떻게 나눠 넣는지”가 애매하게 설명된 글이 많더라고요. 그래서 실제로 헷갈리는 지점만 콕 집어서, 연말정산 난임시술비 의료비 세액공제를 제대로 받는 쪽으로 정리해봅니다.
의료비 세액공제, 어디서부터 계산되는지
연말정산에서 세액공제는 “내야 할 세금”에서 바로 빼주는 방식입니다. 의료비는 원칙적으로 총급여의 3%를 넘는 금액부터 공제 대상이 되고, 그 초과분에 공제율을 곱해 세액공제액이 결정됩니다.
여기서 중요한 건 공제율이 한 가지가 아니라는 점입니다.
일반 의료비는 보통 15%이지만, 난임시술비는 30%, 미숙아·선천성 이상아 의료비는 20%로 따로 계산됩니다.
그래서 난임시술비를 일반 의료비에 섞어버리면 30% 적용을 놓치는 일이 생깁니다.
공제율·한도 한눈에 보기(2025년 귀속 기준)
| 구분 | 공제율 | 한도 | 메모 |
|---|---|---|---|
| 일반 의료비 | 15% | 대상에 따라 연 700만원 한도 적용 구간이 있음 | 총급여 3% 초과분부터 반영 |
| 본인·65세 이상·장애인·6세 이하 | 15% | 한도 없음 | 의료비가 큰 해에 체감 차이 큼 |
| 미숙아·선천성 이상아 의료비 | 20% | 한도 없음 | 분류가 정확해야 20%로 잡힘 |
| 난임시술비 | 30% | 한도 없음 | 회사 입력 화면에서 따로 넣는 게 핵심 |
연말정산 의료비 세액공제 예시
숫자로 보면 더 빠릅니다. 총급여 3,000만원인 근로자가 1년 동안 의료비 300만원을 썼다고 가정해볼게요.
총급여 3,000만원의 3%는 90만원입니다. 의료비 300만원에서 90만원을 뺀 210만원이 공제 대상으로 잡히고, 일반 의료비(15%)라면 315,000원이 세액공제로 계산됩니다.
여기에 난임시술비 200만원이 별도로 있다면, 해당 금액은 30%가 적용되어 600,000원이 추가 반영될 수 있습니다. 결국 난임시술비를 분리해 넣느냐에 따라 환급액이 달라집니다.
참고로 의료비 세액공제는 대상자에 따라 한도가 달라집니다. 그리고 미숙아·선천성 이상아 의료비는 한도 없이 20%가 적용되는 쪽으로 정리되어 있으니, 해당되는 가정이라면 꼭 분류를 챙겨야 합니다.
연말정산 난임시술비 조회·입력할 때 가장 많이 틀리는 부분
국세청 연말정산 간소화 자료에서 난임시술비가 “난임”으로 딱 떨어져 표시되지 않는 경우가 있습니다. 이럴 땐 병원 확인서/영수증으로 난임시술비 금액을 따로 잡아두고, 회사 연말정산 입력 화면에서도 일반 의료비와 난임시술비를 나눠서 입력하는 쪽이 안전합니다.
직접 입력하는 회사 시스템이라면 보통 아래 방식이 무난합니다.
- 전체 의료비에서 난임시술비 금액을 뺀 뒤, 그 금액을 일반 의료비 칸에 입력
- 같은 난임시술비 금액을 난임시술비 칸에 따로 입력
- 증빙서류(병원 확인서, 약제비 영수증)를 함께 제출
의료비 세액공제에서 자주 빠지는 항목
병원비라고 해서 전부 되는 건 아닙니다. 아래 항목은 연말정산 의료비 세액공제에서 빠지거나, 반영할 때 조정이 들어가는 대표 사례입니다.
- 미용·건강증진 목적의 비용(치료 목적이 아닌 경우)
- 외국 병원 지출
- 국민행복카드(바우처) 등 지원금으로 보전된 금액
- 실손보험 등으로 돌려받은 금액(수령액만큼 의료비에서 빠질 수 있음)
난임시술비는 2022년 이후 지출분부터 30%로 적용되는 상태가 유지되고 있습니다. 다만 간소화에 또렷하게 분리되지 않으면, 회사 입력 과정에서 그냥 일반 의료비로 처리될 수 있으니 증빙서류를 먼저 챙겨두는 편이 덜 번거롭습니다.
난임시술비 30% 받으려면 꼭 필요한 서류
난임시술비 세액공제를 확실히 잡으려면 아래 두 가지가 가장 기본입니다.
- 병원: 진료비 납입확인서(난임시술 확인 내용 포함)
- 약국: 약제비 영수증
정부 난임 지원금을 받은 경우엔, 지원받은 만큼은 의료비에서 조정이 들어갈 수 있어요. 결론은 간단합니다. 본인 부담으로 실제 결제한 금액을 기준으로 영수증을 맞춰두면 깔끔합니다.
난임시술비 범위는 국민건강보험 요양급여 기준의 보조생식술(인공수정, 체외수정/시험관 등) 관련 비용이 중심이고, 배아 동결보존비 등도 병원에서 난임시술비로 확인해준 범위에 한해 함께 잡히는 경우가 많습니다. 반면 미혼 여성 난자동결, 미혼 남성 정자동결 등은 성격이 달라 포함되지 않는 쪽으로 안내되는 경우가 많으니, 병원 확인서에 난임시술비로 찍혔는지부터 확인하는 게 제일 정확합니다.
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마지막으로, 연말정산 의료비 공제는 “누가 넣느냐”에 따라 결과가 달라지기도 합니다. 맞벌이 부부라면 총급여 3% 기준 때문에 급여가 낮은 쪽으로 의료비를 정리하는 편이 유리한 해가 많습니다. 다만 중복 반영은 바로 걸리니, 부부 중 한 명 기준으로 정리해두면 실수 확률이 줄어듭니다.
난임치료 지원 및 난임휴가, 남자도 지원 가능할까?
난임은 보통 부부가 정상적인 관계를 유지했는데도 일정 기간 임신이 되지 않는 상태를 말합니다.
원인은 한쪽에만 있는 경우도 있지만, 실제 현장에서는 검사해보니 여러 요인이 겹친 케이스가 많습니다. 그래서 치료도 “여성만의 문제”로 보기 어렵고, 남성도 검사·채취·진료로 시간을 비워야 하는 일이 생깁니다.
그렇다면 남자도 과연 남임휴가를 신청할 수 있을까요?결론부터 말하면, 남성도 난임 치료 과정에서 필요한 진료(예: 정자 채취, 검사 등)가 있으면 회사 제도와 법정 휴가 범위 안에서 신청이 가능합니다. 실제로 최근에는 난임치료휴가가 확대되면서 남녀 모두 활용하는 분위기가 더 늘었어요.
난임치료휴가(확대)와 회사에 요청할 때 현실적으로 필요한 것
- 난임치료(체외수정, 인공수정 등)로 병원 방문이 잦은 근로자를 위한 제도
- 최근에는 연간 사용 일수가 늘어나고 유급 일수도 확대되는 쪽으로 개편되어 활용도가 커졌습니다
- 회사업무상 “증빙”을 요구하는 경우가 많아, 병원에서 발급 가능한 내역(진료확인서, 예약확인 등)을 함께 챙기는 편이 편합니다
난임치료휴가 사용일수·유급 범위(회사 규정까지 같이 확인)
최근 개정으로 난임치료휴가가 늘어난 사업장이 많지만, 실제 적용은 회사 규정·취업규칙 반영 시점에 따라 차이가 날 수 있습니다.
그래서 “법에서 정한 최소 기준”과 “회사에서 추가로 주는 기준”을 같이 보게 됩니다. 중요한 건 남녀 모두 대상이라는 점, 그리고 치료 일정상 하루 단위로 쪼개 쓰는 경우가 많다는 점입니다.
사업주의 비밀유지(신설·강화)로 달라진 분위기
난임치료휴가와 관련해서는 개인정보 보호가 중요합니다. 실제로는 “왜 병원 가는지”까지 설명하고 싶지 않은 경우가 많잖아요.
그래서 최근엔 사업주에게 비밀유지를 요구하는 취지의 규정이 들어가고, 현장에서도 민감 정보를 불필요하게 공유하지 않도록 내부 기준을 세우는 곳이 늘었습니다.
난임 부부 시술비 지원, 세액공제랑 같이 보면 유리합니다
난임 시술은 정부·지자체 지원과 연말정산 난임시술비 의료비 세액공제가 한 해에 같이 걸리는 경우가 많습니다. 여기서 많이 놓치는 게 “지원금 받은 부분”까지 의료비로 잡는 실수인데요. 연말정산에서는 기본적으로 본인 부담으로 결제한 금액 중심으로 맞춰야 깔끔합니다.
지원 내용은 지자체·시행 시점에 따라 조정될 수 있어요. 다만 큰 틀은 비슷합니다. 체외수정(신선/동결), 인공수정, 배아동결 등으로 나뉘고, 횟수·연령 구간에 따라 상한이 달라지는 구조입니다.
| 구분 | 시술 종류 | 지원 방식 |
| 연령/구간별 | 체외수정(신선배아) | 회당 상한 + 횟수 기준 |
| 연령/구간별 | 체외수정(동결배아) | 회당 상한 + 횟수 기준 |
| 연령/구간별 | 인공수정 | 회당 상한 + 횟수 기준 |
| 공통/추가 | 배아동결, 일부 약제 | 항목별 인정 범위 상이 |
지원 신청은 어디서 하느냐가 중요합니다
난임 지원은 보통 관할 보건소 기준으로 안내가 잡히고, 온라인으로 가능한 구간도 있습니다. 사실혼은 증빙이 더 필요한 경우가 있고, 최초 신청 때 오프라인 확인이 필요한 지역도 있으니 “내 거주지 기준” 안내를 먼저 확인해두는 편이 덜 번거롭습니다.
정리하면, 지원금은 지원금대로 정확히 반영하고, 연말정산에서는 본인 부담금 기준으로 연말정산 난임시술비 의료비 세액공제를 잡아야 전체 결과가 깔끔하게 맞습니다.
자주 묻는 내용(FAQ)
Q. 간소화 자료에 난임시술비가 따로 안 보이면 30% 적용을 못 받나요?
A. 못 받는 게 아니라 난임시술비로 분리 확인이 필요한 경우가 있습니다. 병원에서 난임시술 확인이 들어간 납입확인서를 받아두면 가장 깔끔합니다.
Q. 난임 관련 검사비도 전부 30%인가요?
A. 병원에서 난임시술비로 확인해주는 범위가 30%로 잡히는 경우가 많습니다. 같은 병원비라도 확인서 기준이 다르면 일반 의료비로 들어갈 수 있어요.
Q. 실손보험으로 돌려받은 돈이 있으면 어떻게 되나요?
A. 수령한 금액은 의료비에서 조정이 들어갈 수 있습니다. 결과적으로 내가 실제로 부담한 금액을 기준으로 맞추는 게 안전합니다.
Q. 국민행복카드(바우처)로 결제한 금액도 의료비로 넣나요?
A. 바우처로 보전된 금액은 본인 부담 의료비가 아니라서 빠질 수 있습니다. 병원/카드 결제내역을 보면 본인부담금이 구분되는 경우가 많습니다.
Q. 맞벌이인데, 누가 의료비를 넣는 게 유리하나요?
A. 의료비는 총급여 3% 기준이 있어서, 같은 금액이라도 급여가 낮은 쪽에서 공제대상금액이 더 크게 잡히는 해가 많습니다. 다만 부부가 동시에 넣으면 중복 문제가 생길 수 있어 한쪽으로 정리해두는 편이 안전합니다.
Q. 난임치료휴가를 쓰려는데 “사유”를 자세히 말해야 하나요?
A. 필요한 범위의 증빙만으로 처리되는 회사가 많고, 최근엔 개인정보 보호 인식도 강화되어 불필요한 설명을 요구하지 않는 쪽으로 바뀌는 추세입니다. 회사에서 요구하는 서류 범위만 깔끔히 맞추면 됩니다.
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